Galaxy-SynBioCAD : accélérer l’arrivée de la chimie verte

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Source(s): Genopole 

Galaxy-SynBioCAD est la première boîte à outils pour la biologie de synthèse, l’ingénierie métabolique et la biotechnologie industrielle. Intégré au gestionnaire de workflows Galaxy, ce portail web créé par l’Unité de Génomique Métabolique (laboratoire Genoscope, Université d’Évry, Genopole) et l’Institut MICALIS permet de concevoir des voies métaboliques pour produire biologiquement, dans des micro-organismes, des composés […]

Galaxy-SynBioCAD est la première boîte à outils pour la biologie de synthèse, l’ingénierie métabolique et la biotechnologie industrielle. Intégré au gestionnaire de workflows Galaxy, ce portail web créé par l’Unité de Génomique Métabolique (laboratoire Genoscope, Université d’Évry, Genopole) et l’Institut MICALIS permet de concevoir des voies métaboliques pour produire biologiquement, dans des micro-organismes, des composés habituellement synthétisés par voie chimique.

Joan Hérisson, ingénieur de recherche de l’équipe BioRetroSynth au sein de l’Unité de Génomique métabolique (CEA/CNRS/Université d’Évry), a présenté mercredi 26 octobre 2022 la plateforme de biologie de synthèse Galaxy-SynBioCAD, lors de l’International Workshop on Bio-Design Automation (IWBDA). L’événement s’est déroulé à Paris, lors de la célèbre compétition internationale de biologie de synthèse iGEM.

Élargir le champ d’application de la production biologique

Élargir la gamme de composés produits par voie biologique est un défi majeur pour transformer la chimie de synthèse en une bio-industrie plus durable. Mais peut-on construire une voie métabolique pour produire un composé d’intérêt ? Peut-on reprogrammer un micro-organisme pour cette synthèse ?

Le portail informatique Galaxy-SynBioCAD conçu par l’équipe de J.-L. Faulon (Institut MICALIS, INRAE), composée en partie de bio-informaticiens évryens, peut répondre à ces questions.

En partageant divers outils de biologie de synthèse, en garantissant leur compatibilité par des formats standards comme SBML et SBOL et en les liant entre eux dans le gestionnaire de workflows Galaxy, Galaxy-SynBioCAD permet de :

  1. effectuer le processus complet de conception informatique et d’ingénierie de voies métaboliques,
  2. déterminer les enzymes nécessaires à la voie métabolique choisie,
  3. déterminer les séquences d’ADN (codant pour ces enzymes) à assembler,
  4. générer les scripts de pilotage des robots pour l’assemblage des plasmides et la production du composé d’intérêt.

Retrouvez toutes les étapes de conception-ingénierie en un clic sur le site de Genopole