Guillem RIGAILL, lauréat Atige, partisan de l’interdisciplinarité

Guillem RIGAILL est chercheur en biostatistique dans le laboratoire genopolitain de biomathématiques LaMME (laboratoire de Mathématiques et Modélisation d’Évry), unité mixte du CNRS, de l’Université d’Évry, de l’ENSIIE et de l’INRAE, et à l’institut des sciences de plantes de Paris-Saclay IPS2. 

Lauréat en 2018 du programme Atige de Genopole, destiné à accueillir des leaders scientifiques et soutenir leurs premières années de recherche dans un laboratoire du biocluster, Guillem est depuis le 1er janvier 2022 directeur de recherche INRAE.

Interview de Guillem RIGAILL par Genopole

Pouvez-vous nous expliquer vos recherches ?

Guillem Rigaill : «Je suis biostatisticien et travaille à la fois sur des aspects de statistique computationnelle assez théoriques et sur des applications en biologie végétale et génomique. Sur le plan de la biologie, je m’intéresse à l’analyse des données transcriptomiques* du chloroplaste** et sur le plan de la statistique computationnelle, à la détection de ruptures multiples. La majorité des analyses faites aujourd’hui résument l’information par gène sans s’occuper du profil transcriptomique dans sa globalité. Pourtant des zones en dehors des gènes connus sont exprimées, c’est particulièrement vrai chez les chloroplastes. Une manière de les détecter est de représenter les données d’expression du génome paire de base par paire de base et d’analyser tout le profil pour voir s’il y a à certains endroits un décrochage du niveau d’expression. On peut essayer de détecter ces ruptures, c’est-à-dire les endroits de modification brutale du niveau d’expression, et ce sont ces endroits du génome qu’il faut analyser biologiquement de manière plus poussée.»

Qu’est-ce qui vous a conduit à vous orienter vers la biologie ?

Guillem Rigaill : « Je suis ingénieur agronome et j’ai fait une thèse en statistique. Depuis j’ai toujours fait des statistiques avec l’idée de les appliquer à la biologie, pendant ma thèse en cancérologie et aujourd’hui en biologie végétale. »

Qu’est-ce que vous apporte l’interdisciplinarité, le fait d’avoir un poste sur les deux laboratoires, LaMME (mathématiques) et IPS2 (biologie végétale) ?

Guillem Rigaill : « C’est un avis personnel mais quand on travaille à l’interface c’est essentiel d’avoir une interaction proche, ça change vraiment la collaboration. Il ne s’agit pas juste de juxtaposer une méthode avec des données. ll s’agit d’avoir des idées méthodologiques et de réfléchir à leur application pour une problématique biologique particulière. On ne peut y arriver bien que si on collabore étroitement avec des mathématiciens, statisticiens et des biologistes. Pour moi, l’intérêt d’être dans les deux laboratoires, c’est véritablement ça, pouvoir discuter techniques bioinformatiques ou statistiques et aussi applications biologiques dans les détails et de bien réfléchir à l’adéquation entre les deux.

C’est par opposition à une vision souvent simpliste où on aurait des données biologiques à analyser et on arrive avec une méthode qu’on placarde permettant des découvertes biologiques fantastiques, ça doit arriver mais c’est assez rare… »

Qu’est-ce que le soutien Atige de Genopole vous a apporté ?

Guillem Rigaill : « L’Atige m’a permis d’engager plusieurs post-doctorants, et d’avancer beaucoup plus vite que j’aurais fait tout seul pour les aspects méthodologiques.

En quelques années, ce n’est pas uniquement dû à l’Atige, plusieurs personnes sont restées avec nous, ce qui fait qu’aujourd’hui, un certain nombre de personnes, maîtres de conférences, jeunes chercheurs, travaillent sur cette thématique au laboratoire ; ça dynamise énormément toutes les recherches dans cette direction.

Une autre chose : avec une partie des fonds Atige, j’ai financé des expériences omiques qui permettent de valider sur le plan biologique la qualité des méthodes développées. C’est toujours extrêmement dur à faire. Quand on développe une méthodologie statistique, on a deux extrêmes. Soit on fait une validation purement statistique sur la base de résultats théoriques ou de simulations pour vérifier que le modèle retrouve ce qu’on a simulé. Soit on valide quelques-uns des événements déjà connus par les biologistes avec qui on travaille. Finalement ces deux extrêmes ne sont pas complètement satisfaisants. Ici on a fait des manips complémentaires qui intéressaient nos collègues biologistes et permettent également de mesurer facilement la robustesse de la méthode. »

En savoir + sur le dispositif ATIGE

Quels avantages voyez-vous à faire partie du campus Genopole ?

Guillem Rigaill : « Genopole a financé l’Atige mais aussi, par l’appel d’offre SATURNE , un serveur pour le LaMME en partage avec des chercheurs du Genoscope. L’indépendance d’un laboratoire sur le plan de l’informatique est quelque chose d’assez important.

Une chose sympa est cette idée d’interdisciplinarité mise en avant avec les séminaires SpeedSpeeches. J’ai rencontré divers chercheurs qui travaillaient sur des thématiques en biologie, c’est très intéressant pour la culture générale et ça donne des idées pour d’autres projets. On s’enrichit comme ça.

Une initiative que je trouve très utile aussi est la Summer school qui permet de former et rencontrer des jeunes chercheurs et chercheuses. »

Vous avez apporté beaucoup au labo avec plusieurs initiatives. Quelles sont-elles ?

Guillem Rigaill : « Toutes ces initiatives sont motivées par le fait que si on veut vraiment qu’il y ait une collaboration entre mathématiciens et biologistes, il faut promouvoir leur interaction.

Pour essayer de participer à ça, je suis notamment coorganisateur du réseau NETBIO qui s’intéresse à une thématique un peu différente, qui est celle des réseaux biologiques mais dont l’idée est de faire discuter biologistes et mathématiciens, statisticiens et algorithmiciens sur l’inférence de réseau.

Avec Vincent Runge et Christophe Ambroise, nous organisons un séminaire qui n’a pas exactement la même vocation mais qui fait systématiquement un duo entre un biologiste et un mathématicien, toujours pour promouvoir ce côté interdisciplinaire qui va finalement au-delà de la simple application d’une méthode de statistique ou de machine learning sur un jeu de données. »

Lire l’intégralité de l’interview sur le site de Genopole