Hackathon D4Gen : 48h chrono pour produire un outil numérique utile aux sciences du vivant

La deuxième édition du Hackathon « Digital4genomics » a accueilli 6 équipes du 31 mars au 2 avril sur le campus de Genopole.

Source Genopole

L’événement a réuni durant le week-end plus de 40 experts en intelligence artificielle, ingénieurs, chercheurs et étudiants passionnés par ce domaine en pleine expansion. Les trois projets lauréats exploitent des données biologiques, cliniques et génomiques pour la conservation des espèces, le diagnostic ou encore la compréhension du vivant.

D4Gen a pour objectifs, pour les équipes de recherche qui proposent des sujets, de lever des verrous technologiques, et pour les étudiants qui rejoignent les équipes, de mettre en pratique leur formation initiale et élargir leurs compétences. La thématique de cette 2nde édition était consacrée à l’intelligence artificielle comme outil pour comprendre le fonctionnement des écosystèmes complexes, étudier la diversité biologique et modéliser les processus issus du vivant ou de nouveaux bioprocédés.

L’événement a rassemblé des porteurs de projet de l’écosystème génopolitains, Genoscope/CEA-Jacob, Centre Hospitalier Sud Francilien (CHSF) et laboratoire SAMOVAR de Télécom SudParis, de l’institut Pasteur et de l’institut CURIE, ainsi que des participants des établissements d’enseignement supérieur du territoire, Université d’Évry, Université de Paris-Saclay, Télécom SudParis et ENSIIE (École nationale supérieure d’informatique pour l’industrie et l’entreprise).

Des membres de l’école 42, de l’ESGI (École Supérieure de Génie Informatique), l’ESSEC et du MIT Boston ont également rejoint les équipes de D4Gen.

Les mentors Blaise HANCZAR (IBISC, Université d’Évry) et Patrick HORAIN (Télécom SudParis), ont apporté leur soutien et leurs expertises aux équipes pour les aider à relever le challenge.

Trois équipes lauréates

L’équipe PreExtinction menée par Nicolas GODRON, étudiant en pharmacie et M2 GENIOMHE (Université d’Évry-Paris Saclay), a remporté le 1er prix.

Son sujet portait sur la modélisation de l’état de conservation des espèces prévu par l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) afin d’orienter les politiques de biodiversité et l’allocation des ressources. Les données historiques de la Liste rouge de l’UICN des espèces menacées constituent la principale entrée du modèle PreExtinction.

Félicitations également aux équipes AIAF-Stroke et Naspode, lauréates respectivement des 2e et 3e prix !

Conduite par le Dr MAHFOUD (CHSF), l’équipe AIAF-Stroke a élaboré un modèle d’IA pour prédire le risque d’arythmie à une phase précoce d’AVC à partir de données biologiques et cliniques, et ainsi personnaliser le traitement et optimiser le pronostic.

Le projet Naspode était porté par Marco Antonio Mendoza, responsable de l’équipe de recherche SysFate qu’il a créée grâce au financement ATIGE de Genopole, et au soutien de l’Université d’Évry et de Télécom SudParis. L’objectif de Naspode était de développer un outil d’exploitation des lectures en temps réel de pools d’ADN (« démultiplexage »), issues de la technologie de séquençage Nanopore, dans l’objectif final de cartographier la complexité tissulaire au niveau moléculaire.

Bravo à tous les participants pour les réalisations accomplies et pour les synergies créées dans et entre les équipes durant ces 48h d’effort sans relâche.

Rendez-vous l’année prochaine pour la 3ème édition du Hackathon Digital4genomics !