Une révolution génomique pour décrypter le vivant à Genoscope !

Depuis sa création, le Genoscope – Centre National de Séquençage participe à des projets collaboratifs à fort impact scientifique en fournissant à la communauté scientifique toute l’expertise et les capacités de production et d’analyse de données indispensables à ces projets. La plateforme de séquençage accueille aujourd’hui un nouvel équipement, un séquenceur Revio (PacBio), qui renforce encore le parc de séquenceurs présent au sein du biocluster Genopole !

Source Genopole

Depuis sa contribution majeure, il y a près de 20 ans, au projet Human Genome en publiant la séquence complète du chromosome 14 (Heilig et al., Nature 2003), la plateforme de séquençage située au cœur du biocluster Genopole a réalisé le séquençage de nombreuses plantes (vigne, riz, blé…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignons pathogènes du colza et de la vigne) et de plus d’une centaine de procaryotes.

Grâce à sa collaboration avec le Très Grand Centre de Calculs du CEA, situé lui-aussi en Essonne, le Genoscope – CNS a permis de traiter de très grands ensembles de données en utilisant l’informatique haute performance de pointe.

Ainsi, depuis sa création, il a contribué à plus de 750 publications et ceci grâce à sa plateforme de séquençage !

Une nouvelle stratégie

Très récemment, le Genoscope – CNS a choisi de s’aligner sur la stratégie et les engagements de l’Union Européenne en matière de biodiversité pour 2030 tels que la lutte contre le déclin des pollinisateurs, l’amélioration de l’état de conservation des espèces et des habitats clés, la promotion de la restauration écologique des systèmes forestiers et des rivières, et la minimisation des impacts des espèces invasives. 

Accompagné d’autres partenaires européens, le Genoscope – CNS participe activement à la recherche en génomique de la biodiversité en Europe visant à étayer la conservation de celle-ci et sa biosurveillance basée sur l’ADN par la génération de génomes de référence de haute qualité provenant de toutes les formes de vie afin de d’établir un Atlas européen des génomes de référence (ERGA).

L’initiative ERGA étant une réponse scientifique paneuropéenne aux menaces actuelles qui pèsent sur la biodiversité.

Parallèlement à cet important programme européen, le Genoscope – CNS a récemment lancé ATLASea, en janvier 2023, l’un des projets et équipements prioritaires de recherche (PEPR) exploratoires sélectionnés dans le cadre de France 2030.

Un parc de séquenceurs varié et récent

Courant 2023, la plateforme de séquençage a accueilli l’arrivée d’un séquenceur Revio (PacBio) dédié au séquençage des longs fragments et capable de séquencer 1 300 génomes humains par an en profondeur 30X, venu renforcer le parc de séquenceurs de la plateforme déjà composé d’un NovaSeq 6000 (Illumina) acquis en 2018, deux MiSeq (Illumina), un PromethION (Oxford Nanopore Technologies), un GridION (Oxford Nanopore Technologies), un MinION Mk1C (Oxford Nanopore Technologies) et un DNBSEQ-G400 (MGI Tech).

La plateforme de séquençage au service de la recherche académique

Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de métagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.

L’équipe du laboratoire de séquençage s’implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu’à la validation des séquences brutes. 

Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième et troisième génération. Ces équipements high-techs permettent d’atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.

L’offre plateformes : une spécificité genopolitaine

Genopole met à la disposition des laboratoires et entreprises du biocluster et de la communauté scientifique francilienne 24 plateformes technologiques et plateaux techniques mutualisés. L’objectif est de leur apporter des solutions concrètes dans l’ensemble des champs de recherche associés aux biotechnologies. 

Équipées de plus de 650 appareils mutualisés, dont des équipements de très haute technologie, les plateformes de Genopole sont un facteur clé de succès pour les laboratoires académiques qui participent à de nouvelles découvertes comme pour les entreprises biotech qui confirment le potentiel de leur innovation.

Compter Genopole parmi nos membres constitue un réel moteur pour l’écosystème d’Évry-Sénart Sciences et Innovation qui met à disposition des laboratoires et entreprises une expertise et des services de pointe, favorisant ainsi la recherche et l’innovation. Offrir un terrain propice au développement de profils prometteurs et à la recherche académique au sein de notre territoire est notre priorité !

Retrouvez l’intégralité de l’article sur le site de Genopole